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La incorporación de las Islas Canarias a la Corona de Castilla (1402-1496) es el antecedente que ilustra el posterior interés español en los territorios de la costa del África Occidental. Los españoles comienzan a instalarse en el Siglo XVI en el litoral saharahui, inicialmente con factorías pesqueras.
Pero es afinales del Siglo XIX, justo antes del Congreso de Berlín (1885) que supuso el reparto de África por parte de las Potencias Europeas, cuando España se hace notar en el Sáhara fundando Villa Cisneros y estableciendo puntos pesqueros y mercantiles. Los intereses colniales franceses en el África Occidental van disminuyendo el territorio español hasta configurarse las fronteras del actual Sáhara Occidental. En 1934-36 se lleva a cabo la ocupación efectiva española de todo el territorio que pasa a depender militarmente de la capitanía de Canarias.
En 1956 Francia y España conceden la independencia a Marruecos, y el Rey Mohamed V (abuelo del actual rey) funda el actual Estado de Marruecos. Comienzan las fricciones hispano-marroquíes por el Sáhara Occidental. En octubre de 1957 Marruecos reivindica en la ONU territorios españoles del Sáhara e Ifni, así como Mauritania.
Entre finales de 1957 y comienzos de 1958 España interviene militarmente en los territorios de Sido-Ifni para aplacar las insurrecciones allí surgidas. La Guerra de Sidi-Ifni termina en 1958 con el fin de las insurrecciones. España, pretendiendo fortalecer su control, convierte a Ifni y al Sáhara en provincias españolas. En abril España entrega la ciudad fronteriza de Tarfaya a Marruecos.
En 1965 la ONU presiona a España para que acceda a la descolonización de Sáhara Occidental. En 1972 se crea y comienza a actuar el Frente Popular para la Liberación de Saguia el Hamra y Río de Oro (Frente Polisario), que comete atentados y sabotajes contra las tropas de ocupación españolas. Desde 1961 unos estudios demustran la riqueza del subsuelo saharaui en fosfatos y petróleo, lo cual aumenta las apetencias españolas pero también marroquíes.
La ONU exige ya en 1975 la descolonización del territorio, y España intenta ante lo inevitable del proceso, retrasarlo y preparar su influencia sobre el futuro Estado independdiente. La ONU reconoce además el derecho de autodeterminación del Pueblo saharaui.
Desde octubre de 1975 Marruecos comienza a hostigar al territorio con la presión de la Marcha Verde, 300.000 civiles marroquíes desarmados que amenazan con ocupar el territorio. El Ejército Marroquí también se pone en estado de alerta. Marruecos desea anexionarse el territorio, en principio compartiéndolo con Mauritania. El Ejército Español espera instrucciones que no llegan desde Madrid. El 1 de noviembre de 1975 el príncipe Don Juan Carlos visita El Aaiún para tranquilizar a las tropas españolas. Marruecos se sabe reforzado por el respaldo tácito de EE.UU, que acepta la anexión marroquí del territorio aunque no lo declare.
Ante la delicada situación interna de España (agonía de Franco), la tensión con Marruecos y la presión de EE.UU, el 14 de noviembre de 1975 se firman los Acuerdos Tripartitos de Madrid por los que España cede su control colonial sobre el Sáhara a Marruecos y Mauritania, desdiciéndose así de su compromiso de independizar el territorio. Marruecos invade el territorio en noviembre y Mauritania la parte sur en diciembre. Las últimas tropas españolas lo abandonan el febrero de 1976. El Tribunal Internacional de La Haya decreta en octubre de 1976 que no marroquíes ni mauritanos tienen derecho alguno sobre el territorio. La ONU condena además en su XXX sesión la ocupación marroquí.
En diciembre de 1975 se constituye el Consejo Provisional Saharaui en contra de la ocupación, y en febrero de 1976 se proclama la República Árabe Saharahui Democrática. La aviación militar marroquí bombardea a los civiles saharahuis que huyen a Argelia, país que les acoge y les financia, estableciéndose los campamentos de refugiados en Tinduf.
La lucha entre el Polisario y los dos ocupantes comienza cuando en junio de 1976 los saharahuis lanzan un ataque contra la capital de Mauritania. Francia comienza a definirse a favor de Marruecos por sus propios intereses cuando en diciembre de 1977 aviones franceses Jaguar bombardean a las fuerzas del Polisario en apoyo de Mauritania. Finalmente, en agosto de 1979 Mauritania renuncia al territorio y se retira, firmando la paz con el Polisario. Marruecos ocupa la totalidad del Sáhara, la parte mauritana, iniciándose la guerra abierta entre Rabat y el Polisario. Las relaciones entre España y Marruecos se deterioran gravemente en 1979.
En 1980 Marruecos construye los Muros defensivos contra el Polisario, con la última tecnología suministrada por la CIA. En diciembre de 1981 el secretario de Estado Norteamericano Alexander Haig visita Rabat, y en mayo de 1982 Hassan II visita Washington, logrando una ayuda de 100 millones de $. La guerra le cuesta a Marruecos 1 millón de $ diario y Washington muestra así su claro respaldo a Rabat.
En 1984 la RASD es reconocida por casi 60 países, incluída Mauritania, y es admitida en la Organización de Estados Africanos, lo que provoca el abandono marroquí de esta organización. En julio de 1984 una ofensiva militar del Polisario rompe las defensas marroquíes por varios puntos. En agosto Marruecos y Libia firman una alianza estratégica o unión árabe, los Acuerdos de Uxda, con lo que Marruecos busca aislar a Argelia y al Polisario.
En 1989 se acuerda una tregua entre Marruecos y el Polisario, agotados ambos, y en septiembre de 1991 termina la guerra en tablas, tras 12 años de guerra declarada, gracias al alto el fuego patrocinado por la ONU en su Resolución 690, creándose además una fuerza de Cascos Azules (MINURSO). Pero en 1992 se hizo evidente que Marruecos no estaba conforme con la MINURSO, ya que violó en un año el alto el fuego 178 veces, por sólo 7 del Polisario.
Marruecos envió en 1992 35.000 ciudadanos al Sáhara para alterar el censo de población y hacerlo favorable a Marruecos de cara a un posible referéndum, referéndum que se debía haber celebrado en enero de 1992 pero que hoy, 2002, aún sigue pendiente ante las trabas marroquíes. El mediador norteamericano James Baker comenzó su actividad en 1997, pero el denominado Plan Baker sigue hoy pendiente, y el Polisario ya ha advertido que no lo acepta y que de no llegarse a una solución volverá a la lucha armada.